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2006年3月15日，星期三

寻求确定人类基因组结构变异的综合策略

美国马里兰州贝塞斯达—美国国家卫生研究院（NIH）之一的国家人类基因组研究所（NHGRI）今天宣布了其最新一轮测序目标，重点是加深对人类基因功能以及基因组差异的理解个人之间的关系会影响健康和疾病的风险。

国家人类基因组研究咨询委员会是联邦特许委员会，旨在就计划的优先事项和目标向NHGRI提供建议。该委员会最近批准了三项计划，以指定目标作为NHGRI大规模测序研究网络综合战略的一部分。

“我们的测序程序的目标是构建最强大的工具箱，以促进人类健康。通过确定并寻求填补我们知识上的关键空白，这些新的测序计划代表了朝着这个方向又迈出的重要一步。” NHGRI主任Francis S. Collins，MD，Ph.D.博士说。

最优先考虑的计划是确定人类基因组中结构变异的项目，这将表征人类DNA中最常见的结构变异类型。这项工作将使用为最近完成的国际HapMap项目捐赠的48个人类DNA样本，该项目产生了人类遗传变异或单倍型的全面目录，旨在加快对常见疾病相关基因的搜索。 HapMap确定了可能与人类疾病有关的DNA微小变化（称为单核苷酸多态性（SNP））的邻域。结构变异工作将力图确定DNA较大片段已被删除，重复或重新排列的情况，所有这些都可能通过破坏基因的结构和功能而引起疾病。

最近的分析表明，这些大规模的结构变化比以前意识到的要普遍得多。实际上，任何两个人类的基因组都被认为具有数百个插入，缺失和倒位的差异。

第二个计划是将DNA序列添加到许多灵长类物种的现有草图序列中，并在那些基因组内具有高度生物学意义的区域中添加其他序列信息。覆盖范围的增加-高密度的基因组序列-可以使人们更好地了解人类基因组进化的因素。为此“索引物种”努力而选择的灵长类动物是猕猴（ Macaca mulatta ）， mar猴（ Callithrix cchus ）和猩猩（ Pongo pygmaeus ）。将来，NHGRI打算将其他生物添加到需要高密度基因组序列的索引物种列表中。

第三个计划包括以低密度吃水深度对8个新哺乳动物的基因组进行测序，这将通过以两倍覆盖率对它们的基因组进行测序而产生。这将使以两倍覆盖率测序的哺乳动物基因组数目增加到24个，此外还有人类和另外七个由NHGRI支持的中心进行测序的草稿或最终形式的哺乳动物基因组，并可以在公共数据库中免费获得。科学家将使用合并后的数据在人类和其他哺乳动物的基因组中寻找相似或保守的特征。

将要测序的八种新哺乳动物将从以下10种中选择：海豚（Tursiops truncates ），象elephant（ Elephantulus种），飞行狐猴（ Dermoptera种），小鼠狐猴（ Microcebus murinus ），马（ Equus caballus ），美洲驼（骆驼种），mole鼠（ Cryptomys种），皮卡（ Ochotona种），兔子的表亲，袋鼠大鼠（ Dipodomys种）和tarsier（ Tarsier种），是灵长类动物和猴子，猿类和猿类的进化表亲人类。 NHGRI将根据可获得的高质量DNA样本，该生物体作为生物医学模型的前景以及独特的创新生物过程的存在来选择八种哺乳动物进行测序，在此过程中可能对人类基因组做出了贡献进化。

哺乳动物基因组之间的这种比较代表了查明30亿碱基对人类基因组中最明显起作用的大约5％的最有效方法之一。根据计算机建模结果，期望在24个基因组序列之间进行比较，将能够可靠地鉴定出小至6个碱基对的保守序列。六个碱基对大约相当于转录因子结合位点的大小：一个小的DNA序列，出现在一个基因附近，该基因与打开或关闭该基因有关。

测序工作将由NHGRI支持的大规模测序研究网络进行，该网络包括五个中心：马萨诸塞州贝弗利的Agencourt Bioscience Corp .；休斯敦贝勒医学院麻省理工学院和哈佛大学广泛研究所，马萨诸塞州剑桥；马里兰州罗克维尔市的J. Craig Venter研究所；和圣路易斯华盛顿大学医学院。每个生物分配给一个或多个特定中心的情况将在以后确定。

NHGRI选择测序目标的过程始于三个工作组，由来自研究界的专家组成。每个工作组负责制定一套基因组测序方案，以促进三个重要科学领域之一的知识发展：确定遗传学领域中高通量测序资源的应用将迅速导致重大研究领域。医疗进展；对人类基因组的了解；并了解基因组的进化生物学。然后，一个协调委员会审查工作组的建议，以帮助微调建议并将其整合到总体科学优先事项中。协调委员会的建议由NHGRI的一个咨询小组-全国人类基因组研究咨询委员会审核和批准，然后将其建议转发给NHGRI领导层。有关选择过程的更多信息，请访问： www.genome.gov/Sequencing/OrganismSelection 。

可以在www.genome.gov/10002154上查看生物体及其测序状态的完整列表。在NHGRI的大规模测序计划中测序的许多生物的高分辨率照片可在以下网站获得： www.genome.gov/10005141 。

NHGRI是美国国立卫生研究院（NIH）（卫生和公共服务部的下属机构）的27个研究所和中心之一。 NHGRI校外研究部为全国各地的研究，培训和职业发展提供补助。有关NHGRI的其他信息，请访问其网站www.genome.gov 。

关于美国国立卫生研究院（NIH）：美国国立卫生研究院（NIH）是美国的医学研究机构，包括27个研究所和中心，并且是美国卫生与公共服务部的组成部分。 NIH是进行和支持基础，临床和转化医学研究的主要联邦机构，并且正在调查常见和罕见疾病的病因，治疗方法和治愈方法。有关NIH及其计划的更多信息，请访问www.nih.gov 。

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