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研究人员组装第二个非人类灵长类动物基因组

新闻发布

2006年2月9日,星期四

研究人员组装第二个非人类灵长类动物基因组

恒河猴猕猴DNA序列可在免费的公共数据库中获得。

美国国立卫生研究院(NIH)之一的国家人类基因组研究所(NHGRI)宣布,一个多中心研究小组已将猕猴的基因组序列草案存放到免费的公共数据库中,以供全球研究机构使用。今天。

恒河猴( Macaca mulatta )是继黑猩猩( Pan troglodytes )之后的第二个非人类灵长类动物,其基因组已测序,并且是旧世界上第一个对其DNA进行了解密的猴子。总体而言,恒河猴基因组与人类(智人)的序列约占92%至95%,而与黑猩猩则占其序列的98%以上。因此,恒河猴为比较三个密切相关的灵长类动物提供了理想的参考点。许多其他灵长类动物的基因组也正在进行测序,包括猩猩,mar猴和大猩猩。

恒河猴基因组的测序是在休斯敦的贝勒医学院人类基因组测序中心,圣路易斯华盛顿大学的基因组测序中心以及马里兰州罗克维尔的J. Craig Venter研究所进行的。 NHGRI支持的大规模测序研究网络。测序中使用的DNA样品来自圣安东尼奥市西南生物医学研究基金会的雌性猕猴。

使用三个不同的互补方法,在三个测序中心分别对恒河猴基因组数据进行独立组装。然后,由J. Craig Venter研究所的Granger Sutton博士领导的团队将结果数据合并到一个单一的高密度草图或“熔融装配”中。该合作企业还利用了现有资源:人类基因组的参考序列,已发表的恒河猴DNA绘图资源和温哥华不列颠哥伦比亚癌症局的迈克尔·史密斯基因组科学中心的恒河猴DNA指纹数据库。新的高质量组装涵盖了恒河猴基因组的93%,这将使研究人员能够对该重要生物进行进化比较和准确的基因预测。

由于其与人类的遗传,生理和代谢相似性,所以猕猴是用于研究人类疾病的主要的非人类灵长类动物,并且也是药物开发中的重要系统。猕猴被用于神经科学,行为生物学,生殖生理学,内分泌学和心血管研究的基础研究。此外,由于其对猿猴免疫缺陷病毒(SIV)的反应,恒河猴被广泛认为是人类免疫缺陷病毒(HIV)感染的最佳动物模型。它也可作为研究其他人类传染病和疫苗研究的有价值的模型。

恒河猴基因组序列的可用性将使研究人员能够建立恒河猴基因列表,以及恒河猴,黑猩猩和人类之间的差异列表,从而促进这些领域的研究。已经组织了一组科学家,以加快对恒河猴数据的更详细分析。

全球研究界可以通过以下公共数据库和基因组查看器访问序列数据:GenBank( http://www.ncbi.nih.gov/Genbank )和Map Viewer( http://www.ncbi.nlm.nih)。 NIH国家生物技术信息中心(NCBI)的gov / mapview / ); EMBL Bank( www.ebi.ac.uk/embl/index.html ),位于欧洲分子生物学实验室的核苷酸序列数据库中;和日本DNA数据库( www.ddbj.nig.ac.jp )。也可以通过加利福尼亚大学圣克鲁斯分校的UCSC基因组浏览器( http://www.genome.ucsc.edu/ )和Wellcome Trust Sanger的Ensembl基因组浏览器( www.ensembl.org )查看数据。英国剑桥学院。有关恒河猴序列的更多信息,可通过贝勒医学院的人类基因组序列中心( http://www.hgsc.bcm.tmc.edu/ )获得。

NHGRI批准了对恒河猴的基因组进行解密的努力,因为它评估了这种努力对生物医学研究的重要性。生成高质量草稿所需的排序需要大约两年的时间才能完成,费用约为2200万美元。

要阅读概述了对恒河猴进行测序的科学原理和策略的白皮书,请访问: http : //www.genome.gov/Pages/Research/Sequencing/SeqProposals/RhesusMacaqueSEQ021203.pdf 。要了解有关快速发展的比较基因组分析领域的更多信息,请访问: http : //www.genome.gov/11509542

媒体联络人
贝勒医学院人类基因组测序中心
罗斯·汤姆林
713-798-7973

圣路易斯华盛顿大学基因组测序中心
乔尼·韦斯特豪斯(Joni Westerhouse)
314-286-0120

克雷格·文特尔学院
芭芭拉·阿斯贾尔(Barbara Asker)
240-268-2767

国家卫生研究院
杰夫·斯宾塞
301-402-0911

NHGRI是美国国立卫生研究院(NIH)(卫生和公共服务部的下属机构)的27个研究所和中心之一。 NHGRI校外研究部为全国各地的研究,培训和职业发展提供补助。有关NHGRI的信息,请访问: www.genome.gov

关于美国国立卫生研究院(NIH):美国国立卫生研究院(NIH)是美国的医学研究机构,包括27个研究所和中心,并且是美国卫生与公共服务部的组成部分。 NIH是进行和支持基础,临床和转化医学研究的主要联邦机构,并且正在调查常见和罕见疾病的病因,治疗方法和治愈方法。有关NIH及其计划的更多信息,请访问www.nih.gov

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