这些科学的“寻宝者”是MD安德森(MD Anderson) 生物信息学和计算生物学系的研究人员。他们具有耐心和专有技术来分析大量信息,并找到一条宝贵的数据脉络,这将大大有助于我们对癌症内部运作的理解。他们认为“分子轮廓分析”可能是开发新疗法的母体。
他们包括 韩亮博士。 ,他对癌症医学的未来充满信心,这主要取决于分子谱分析。科学家用来分析个别患者的肿瘤以鉴定遗传特征和任何独特的生物学标记物的技术。生物标志物是可以指示某种状况或疾病存在的分子,并且越来越多地用于衡量人体对疗法的反应。
他说:“通过分析来自多种癌症类型的数据,我们可以评估预后模型并鉴定导致肿瘤形成的基因改变。” “仅通过查看一种癌症类型的肿瘤数据就无法获得。”
伪(基因)科学和超级集群梁还领导了一项研究古怪的假基因的工作,该假基因是由于失去了蛋白质编码能力而被普遍认为没有目的的基因错配。他最近在《自然通讯》上的研究表明,情况并非如此。
在审查了来自7种类型癌症患者的2,800多个样本后,Liang得出结论,被广泛忽视的假基因很可能是帮助医学专家发现新生物标记的新目标。这些标记物将使医生既可以针对个别患者进行个性化治疗,又可以使他们更好地预测癌症的存活率。
像Liang一样,Roeland Verhaak博士也是生物信息学,计算生物学和基因组医学部门的双重职位的助理教授,也进行了一项大规模研究,比较了基因在12种肿瘤亚型中的表达方式。他的团队的工作于去年8月发表在Oncogene上 ,确定了八个癌症“超级簇”,它们具有相似的疾病途径和基因表达。
在他的研究中,Verhaak确定了一种特别大的癌症超级集群,所有这些集群都具有共同的基因突变和表达,DNA改变以及细胞增殖增加。在这种超级簇中,TP53蛋白的突变通过拒绝让细胞死亡而导致癌症生长,即使它们已经遭受了DNA损伤。 TP53通常抑制肿瘤生长。
设计师数据分析像许多MD安德森(MD Anderson)科学家致力于弄清癌症的细胞原因之谜一样,Verhaak依靠高科技方法来理解诸如癌症基因组图谱(Cancer Genome Atlas)等数据库中积累的大量信息。
为了以系统,自动化的方式大规模处理和分析数据,他和他的科学家们开发了RNA测序数据分析管道(PRADA),这是Verhaak精通时尚的妻子的首字母缩写。
与它的时尚同名产品不同,PRADA不涉及操纵高档香水或异国皮革。相反,它涉及一个软件程序,该程序提供来自基因表达水平的遗传信息的多方面分析,以检测只有科学家才能识别或热衷的项目,例如基因内融合变体和同源性评分。
该软件已通过The Cancer Genome Atlas程序被广泛成功地使用,以更好地了解脑癌和肾癌。
作为生物信息学和计算生物学的主席, 约翰·韦恩斯坦(MD)博士。 ,负责管理一个部门,该部门与MD Anderson的许多部门和人员进行协作。这包括医学博士Gordon Mills。 , 系统生物学系主任 , 胸腔/头颈医学肿瘤学助理教授Lauren Byers医师和病理学教授张炜博士将分子数据整合到他们的工作中以改善癌症的预后。个性化癌症治疗研究所,靶向治疗中心和Kleberg分子标记中心等中心也将重点放在这一研究领域。
温斯坦因在1990年代初引入集群热图而广为人知,该图被某些人称为“后基因组时代最常见的视觉图标”。
热图是根据温斯坦完成的工作建立的,当时温斯坦担任国家癌症研究所基因组和信息学小组的负责人,在那里他开发了一套基于网络的生物信息学软件包,称为“矿工套件”。
集群热图以图形方式使研究人员能够了解复杂的数据,并且今天已成为常用的生物信息学软件工具。
温斯坦目前领导着一个在分子谱分析领域处于前沿的研究小组。他的研究方法被他称为“部分实验,部分计算”,为此他创造了“积分学”一词。
温斯坦的小组使用了超过二十个微阵列平台和其他技术来打乱缠结的细胞过程网络,这些网络被认为会导致癌症。如果正确解密,这些过程可能会为预防和治疗提供令人兴奋的新选择。
美国前内政部长斯图尔特·乌德尔(Stewart Udall)曾写道:“采矿就像是一次搜救任务。”诸如梁,韦尔哈克和温斯坦等科学调查人员以及他们的许多MD安德森同事的工作非常寻找我们基因组成的本质的使命。深入研究遗传奥秘,寻求新的解决方案,有一天可能会摧毁夺走我们健康的癌症。