在变性者面临的健康问题中，癌症几乎没有受到科学的关注。直到最近，还没有长期的健康追踪研究专门针对跨性别个体的癌症，而目前正在进行的少数研究将需要数年甚至数十年才能产生有用的信息。

这些研究的重点之一是，从一种性别过渡到另一种性别所需的激素是否会增加某些癌症的风险，例如变性女性的乳腺癌 。有理由认为，尽管没有可靠的科学数据，但无法确定这种风险的程度。由美国国立卫生研究院（National Institutes of Health）领导的一项为期五年的最新调查，耗资570万美元，将追踪年轻跨性别者的一生健康状况，以监测激素对癌症风险的影响以及其他健康问题。

不论风险如何，研究都指出了可能会阻止跨性别者寻求或接受及时癌症治疗的几个因素。其中之一是害怕歧视。例如，参加2015年美国跨性别者调查的人中有近四分之一表示，由于担心被当作跨性别者而受到虐待，因此他们在需要的时候没有去看医生。在上一年看过医疗保健提供者的受访者中，有三分之一的人报告说至少具有与变性有关的负面经历，例如被拒绝治疗，口头骚扰或必须向提供者介绍变性者以便得到适当的照顾。这项调查是由全国变性者平等中心（NCTE）进行的，该调查收集了28,000名受访者的数据。

“如《柳叶刀肿瘤学 》所指出，跨性别患者在心理上可能难以解决与过渡到当前性别后保留的生殖器官相关的健康问题，”该组织乳腺癌，癌症遗传学和预防学专家丹尼尔·摩根斯特恩说。达娜·法伯（Dana-Farber）是研究所的众多医生和职员之一，他对LGBTQ患者的治疗和护理特别感兴趣。 “要提供富有同情心和全面的护理，卫生保健提供者需要意识到这些因素以及获得护理所存在的障碍。”

对他们独特的健康需求缺乏认识也可能阻止跨性别者接受某些癌症的筛查。 《柳叶刀肿瘤学》（Lancet Oncology） 2015年的一篇社论指出，跨性别的男人和女人仍然容易患上不再符合性别特征的生殖器官癌症。进行变性手术的人保留了其原始生殖器官中的少量组织。因此，跨性别女人可能有患前列腺癌的风险，而跨性别男人则可能保留卵巢癌的风险。但是并非所有跨性别者都充分了解了这些风险，有可能导致他们忽略标准筛查测试 。

令该问题雪上加霜的是， 《新闻周刊 》（ Newsweek）去年报道，一些健康保险计划并未涵盖与个人当前性别身份不符的癌症检查。在这样的计划下，尽管情况开始好转，但可能无法为乳房X光检查覆盖一名跨性别者。

根据《柳叶刀》杂志的报道，另一个因素是，跨性别人群比普通人群更容易吸烟和饮酒，并且感染艾滋病毒和乳头瘤病毒的几率更大，而这些疾病与某些癌症的风险更高。 NCTE发现，跨性别者也更有可能没有医疗保险，从而减少了他们获得有效医疗保健的机会。